home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00378 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  3.3 KB  |  62 lines

  1. ************************************************
  2. * Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain *
  3. ************************************************
  4.  
  5. A number of fungal transcriptional activator proteins contain a  cysteine-rich
  6. region, in  their  N-terminal  section,  that  binds  DNA  in a zinc-dependent
  7. fashion.  It  has  been shown [1,2]  that  this  region forms a binuclear zinc
  8. cluster where six conserved cysteines bind two zinc cations. Proteins known to
  9. contain such  a  domain  are  listed  below  (references are only provided for
  10. recently determined sequences).
  11.  
  12.   Gene name(s)      Biological source        Scope of activatory action
  13.   ---------------   ---------------------    ---------------------------------
  14.   amdR or intA      Emericella nidulans      Amides catabolism
  15.   ARGR2 or ARG81    Yeast                    Arginine metabolism
  16.   CYP1 or HAP1      Yeast                    Iso-1 and iso-2 cytochrome c
  17.   CZF1              Candida albicans         Unknown
  18.   GAL4              Yeast                    Galactose metabolism
  19.   LAC9              Kluyveromyces lactis     Galactose metabolism
  20.   LEU3              Yeast                    Leucine biosynthesis
  21.   MAL63 or MAL6R    Yeast                    Maltose metabolism
  22.   ntf1              Schizosaccharom. pombe   nmt1
  23.   nirA              Emericella nidulans      Nitrate assimilation
  24.   nit-4             Neurospora crassa        Nitrate assimilation
  25.   PDR1 or CYH3      Yeast                    Permeability
  26.   PPR1              Yeast                    Pyrimidine metabolism
  27.   PUT3              Yeast                    Proline metabolism
  28.   qa-1f             Neurospora crassa        Quinate metabolism
  29.   qutA              Emericella nidulans      Quinate metabolism
  30.   SUC1              Candida albicans         Sucrose utilization [3]
  31.   UGA3              Yeast                    GABA catabolism
  32.   UGA35 or DAL81    Yeast                    GABA, urea, arginine, allantoin
  33.                                              and catabolism
  34.  
  35.   YBL03-23          Yeast                    ? (Chromosome II)
  36.   YBL0526           Yeast                    ? (Chromosome II)
  37.   YCR106w           Yeast                    ? (Chromosome III) [4]
  38.   YKL222c           Yeast                    ? (Chromosome XI)
  39.   YKL038w           Yeast                    ? (Chromosome XI)
  40.   YKR064w           Yeast                    ? (Chromosome XI)
  41.  
  42. The spacing of the cysteines in this  type of domain is C-x(2)-C-x(6)-C-x(5 to
  43. 9)-C-x(2)-C-x(6 to 8)-C.  There  are also a number of other conserved residues
  44. in the loop regions  between the cysteines  which can be used to help define a
  45. specific pattern for such a domain.
  46.  
  47. -Consensus pattern: [GASTPV]-C-x(2)-C-[RKHS]-x(2)-[RKH]-x(2)-C-x(5,9)-C-x(2)-
  48.                     C-x(6,8)-C
  49.                     [The six C's are zinc ligands]
  50. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  51. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: human ultra high-sulfur keratin.
  52. -Last update: June 1994 / Text revised.
  53.  
  54. [ 1] Pan T., Coleman J.E.
  55.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87:2077-2081(1990).
  56. [ 2] Marmorstein R., Carey M., Ptashne M., Harrison S.C.
  57.      Nature 356:408-414(1992).
  58. [ 3] Kelly R., Kwon-Chung K.J.
  59.      J. Bacteriol. 174:222-232(1992).
  60. [ 4] Bork P., Ouzounis C., Sander C., Scharf M., Schneider R., Sonnhammer E.
  61.      Protein Sci. 1:1677-1690(1992).
  62.